1.形態必須耐高真空

　　如有些含水量很大的細胞，在真空中很快被抽干水分，細胞的形態也發生了改變，無法對各類型細胞進行區分。

　　2.樣品表面不能含有有機油脂類污染物

　　油污在電子束作用下易分解成碳氫化物，對真空環境造成極大污染。樣品表面細節被碳氫化合物遮蓋；碳氫化合物降低了成像信號產量；碳氫化合物吸附在電子束光路引起極大象散；碳氫化合物被吸附在探測器晶體表面，降低探測器效率。對低加速電壓的電子束干擾嚴重。

　　3.樣品必須干燥

　　水蒸氣會加速電子槍陰極材料的揮發，從而極大降低燈絲壽命；水蒸氣會散射電子束，增加電子束能量分散，從而增大色差，降低分辨能力。

　　4.樣品表面可導電

　　大多數情況下，初級電子束電荷數量都大于背散射電子和二次電子數量之和，因此多余的電子必須導入地下，即樣品表面電位必須保持在0電位。如果樣品表面不導電，或者樣品接地線斷裂，那么樣品表面靜電荷存在，使得表面負電勢不斷增加，出現充電效應，使圖像畸變，入射電子束減速，此時樣品如同一個電子平面鏡。對不導電的樣品，建議采用離子濺射鍍膜機噴鍍金屬，這樣可顯著提高掃描電子顯微鏡所觀察圖像的質量。

　　5.特殊樣品制備考慮因素

　　掃描電鏡一般不建議觀測磁性材料，如果一定要觀測此類物質，則建議對材料首**行退磁。如果要檢測觀察弱反差機理，就必須消除強反差機理，否則很難檢測到弱的反差。當希望背散射電子衍射反差（EBSD），I和II型磁反差或其他弱反差機理時，磁性材料的磁疇特性必需消除樣品的形貌。采用化學拋光，電解拋光等，以使樣品產生一個幾乎消除形貌的鏡面。